根据江苏省高级人民法院、江苏省人民检察院、江苏省司法厅《关于设置派出劳改劳教单位检察机构若干问题的通知》的要求，1987年10月22日，淮阴市一届人大常委会第二十六次会议经过充分讨论，决定批准设立淮阴市车路口地区人民检察院，1987年12月23日召开成立大会，正式挂牌宣告成立，内设机构设一科、二科和办公室。由于行政区划调整，设立地级宿迁市，1997年2月1日，宿迁市一届人大常委会第四次会议作出决定：设置江苏省宿迁市洪泽湖地区人民检察院。2017年12月8日，经宿迁市机构编制委员会批复同意，洪泽湖地区检察院不再保留侦防科，现内设机构调整为办公室和刑检科。

　　在隶属关系上，宿迁市洪泽湖地区人民检察院是宿迁市人民检察院的派出机构，受市检察院领导，受省人民检察院刑事执行检察部门和市人民检察院刑事执行检察等相关部门业务指导。